（一）辦公室。負責局機關日常工作；負責起草重要報告及綜合性文件，負責有關重要會議的組織、綜合調研工作；負責值班、文電、機要、檔案、保密、督辦、政務信息、政務公開等工作；組織協調信訪維穩、網絡輿情處置、宣傳、修史編志、建議提案辦理工作；歸口管理局機關后勤、安全及保衛、接待工作；負責全縣交通運輸行業精神文明建設；負責局機關并指導局屬單位意識形態工作；負責聯系指導交通運輸系統信息化工作；負責全縣交通運輸系統的績效評估考核工作。
（二）政工人事股。負責局機關干部人事、勞動工資、機構編制管理等工作；按規定承辦局屬單位的人事、勞動工資、機構編制、職工養老和醫療保險等工作；協助有關部門做好交通行業技術工種的職業技能鑒定、定級考核等工作；協助有關部門做好運輸行業人員職業資格評價工作；負責局機關及局屬單位出國（境）人員的政審及呈報工作；負責管理和指導全縣交通運輸行業的教育培訓工作；負責綜合交通運輸體制改革有關工作，指導公路、水路行業有關體制改革；歸口管理行業內僑務和外事、統戰工作；負責局機關離退休人員和交通系統改制企業離休干部管理、服務工作，指導局屬單位的離退休人員管理、服務工作。
（三）法制股。負責組織開展交通運輸行業政策研究；負責綜合交通運輸體制改革有關工作，指導公路、水路行業有關體制改革工作；承擔局重大行政決策和規范性文件的合法性審查工作；負責交通運輸行政執法監督工作；指導全縣公路路政管理、路產路權保護及超限超載運輸治理工作；承擔交通運輸行政執法資格管理工作；承辦局行政復議和行政應訴工作；歸口管理局法律顧問工作；負責局機關并指導局屬單位的掃黑、反恐、禁毒等綜治維穩工作。
（四）計劃基建股。負責組織擬訂全縣綜合交通運輸發展戰略、政策和規劃；牽頭擬訂全縣公路、水路發展戰略、政策和規劃；參與擬訂全縣物流業發展規劃；負責和指導綜合交通運輸樞紐規劃；負責提出全縣交通運輸年度固定資產投資規模和計劃、國省補助資金和縣財政性資金安排意見并監督實施。負責交通工程項目計劃申報工作，按規定審批、審查、報批省規劃內和年度計劃內的公路、水路固定資產投資項目預可行性報告、工程可行性報告和初步設計；負責全縣公路、水路基礎設施建設的管理和監督工作，維護建設市場的公平競爭秩序；按規定對全縣公路、水路重大基礎設施建設項目招投標實施管理和監督；監督管理全縣公路、水路基礎設施建設項目的質量安全和定額、造價控制、竣工驗收等有關工作。監督、檢查全縣公路養護工作執行情況；指導全縣公路標志標線管理工作，并參與竣工驗收；協調、配合應急處置牽頭部門，開展全縣公路應急保暢相關工作；協調高速公路涉及地方相關工作；負責交通行業扶貧工作；承擔全縣交通運輸業綜合統計工作。
（五）綜合運輸股。負責指導全縣道路（水路）客貨運輸、站（場）經營、機動車維修經營、機動車駕駛員培訓、管道運輸、搬運裝卸及道路（水路）運輸市場的行業管理；負責與有關部門建立綜合運輸體系協調配合機制；負責重點時段交通運輸組織協調工作；負責道路（水路）運輸業戶和道路（水路）運輸外資、合資企業的資質審查；負責對道路（水路）運輸企業的指導和監督；按規定承擔道路（水路）物流行業有關管理工作；按規定組織協調道路（水路）重點物資運輸和道路（水路）緊急客貨運輸工作，擬定道路（水路）運輸應急預案；協調道路（水路）運輸相關業務的價格；負責指導港口行政管理；按規定承擔負責監督全縣港口、碼頭等運輸設施養護管理政策的實施；負責港口及外輪理貨、引航等港口輔助業，港口及港航設施建設使用岸線布局的行業管理；制定全縣公共汽車、城市出租汽車等城市客運行業發展規劃；承擔公共汽車、出租汽車的運營指導和對城市客運市場的監管；負責全縣春運組織協調工作；配合承擔全縣水上交通運輸計劃統計有關工作；指導全縣道路（水路)運輸行業環境保護、節能減排和科技工作。
（六）安全監督股（應急辦公室）。宣傳貫徹交通運輸行業安全生產的方針、政策、法律、法規和規章制度；組織擬訂交通運輸行業安全生產規章制度、應急預案并負責監督實施。負責指導、監督局屬單位安全生產工作，承擔全縣搶險救災運力的調配協調工作，組織協調全系統的應急處置相關工作；指導交通運輸行業安全教育培訓，組織有關單位安全監管人培訓；組織、協調交通運輸行業安全生產專項檢查；依法組織或參與有關事故調查處理工作；匯總、編報交通運輸行業安全統計報表。
（七）財務審計股。負責指導、監督全縣交通運輸行業的財務會計工作；組織制訂行業財務規章制度和交通資金使用管理制度、辦法并指導、監督執行；負責局機關和局屬單位國有資產的監督管理和資產處置報批工作，指導交通投融資管理工作；監督全縣公路、水路有關規費政策的實施；負責交通運輸資金的申請、撥付和監管；牽頭負責引資項目管理工作；負責局機關經費管理；負責局機關的政府采購工作；負責局機關和局屬單位控購事項的審查報批；負責交通運輸行業內部審計工作。
（八）行政審批服務股。負責本單位對企業和個人辦理行政許可、行政確認、行政征收、行政給付、其他職權（核準、備案、年檢）等行政審批和管理服務事項的受理、審核（審批）和送達；負責組織協調行政審批和管理服務事項的調研論證；負責有關行政審批和管理服務事項的政策咨詢、政務公開工作；負責與本單位涉及行政審批和管理服務事項事中事后監管職能股室的溝通協調，并做到信息共享；負責行政審批和管理服務事項辦理資料歸檔和信息統計工作；負責局機關并指導局屬單位的優化經濟發展環境和無證無照經營治理工作。