為規范縣市區分局內部管理，理順工作職責，更加高效有序開展工作，根據各分局人員編制具體情況，對各分局內設機構設置如下：
一、縣市分局共設8個內設股室
1、辦公室。對口落實市局辦公室、組織人事科、科技與財務科、市環境信息中心相關工作。負責機關日常運轉工作，承擔機關信息、保密、政務公開、信息化、建議提案的綜合回復等工作。負責機關后勤保障、綜治維穩、公務接待工作。負責起草、審核綜合性會議文件和其他重要文件。負責機關、所屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資工作。承擔全縣（市）生態環境系統隊伍建設工作，承擔生態環境行政體制改革有關工作。負責離退休人員管理服務工作。牽頭分局信訪和本行業、領域的應急管理及安全生產工作。負責生態環境保護專項資金項目監督管理，提出生態環境保護資金安排意見，協調有關部門做好組織實施和監督工作。負責財務、國有資產管理、內部審計工作。負責本單位政府采購（招投標)工作。開展生態環境科學研究和技術工程示范，參與生態環境技術管理體系建設，參與指導和推動循環經濟與生態環保產業發展，推動落后產能退出，實施清潔生產相關管理工作。
2、綜合股。對口落實市局生態環境保護督察協調辦公室、綜合協調科、政策法規科、宣傳教育與對外合作科相關工作。承擔有關規范性文件的合法性審查，負責機關行政復議、行政應訴等工作。負責污染排放總量控制的綜合協調工作。負責生態環境監督執法的有關工作。擬訂并組織實施生態環境保護宣傳教育綱要，組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作。負責分局新聞審核和發布，指導生態環境輿情收集、研判、應對工作。負責生態環境損害賠償相關工作。監督生態環境保護黨政同責、一崗雙責落實情況。配合生態環境保護督察工作，調度與督促生態環境督察問題的整改落實。負責污染防治攻堅戰的綜合協調。擬訂生態環境年度目標和考核計劃，負責績效考核等工作。負責縣（市）生態環境保護委員會辦公室、生態文明體制改革專項小組辦公室、突出生態環境問題整改工作領導小組辦公室的日常工作。
3.水生態環境股。對口落實市局水生態環境科相關工作。負責全縣（市）地表水生態環境監管工作，擬訂全縣(市）水污染防治方案，并監督實施。會同有關部門編制并監督實施全縣(市)重點流域生態環境規劃、水功能區劃。負責全縣(市）水污染防治項目督查落實。監督管理飲用水水源地生態環境保護工作，指導入河排污口設置管理。負責水污染物總量控制工作。
4、大氣環境股。對口落實市局大氣環境科、市機動車排氣污染監控中心相關工作。負責全縣（市）大氣、噪聲、光、化石能源等污染防治的監督管理。擬訂并監督實施聲環境功能區劃、重污染天氣應對措施，組織協調大氣面源污染防治工作，承擔區域大氣污染聯防聯控相關工作。負責全縣(市)大氣污染防治項目督查落實。負責全縣(市)應對氣候變化工作，實施清潔發展機制相關工作。負責機動車尾氣上路檢測執法和非道路移動機械相關工作。負責大氣污染物總量控制工作。
5、土壤生態環境股。對口落實市局土壤生態環境科相關工作。負責全縣（市）土壤、地下水等污染防治和生態保護的監督管理。負責全縣（市）土壤、地下水污染防治項目督查落實。指導、監督工業污染土壤修復工作。指導監督農村生態環境保護。監督指導農業面源污染治理工作。負責土壤污染物總量控制工作。
6、自然生態和監測股。對口落實市局自然生態保護科、生態環境監測科相關工作。組織起草生態保護規劃，開展全縣（市）生態狀況評估。組織開展生態示范創建。負責自然保護地、生態保護紅線相關監督管理工作。監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。監督野生動植物保護、濕地生態環境保護等。參與生態保護補償工作。負責全縣(市）生態環境監測管理工作。負責重點污染源自行監測監督管理。參與生態環境質量監測站點設置的相關工作，協調生態環境監測工作；組織對生態環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理全縣(市）生態環境監測網絡。落實生態環境質量公告制度；組織開展企業自行監測管理工作；具體負責生態環境統計工作。
7、環境影響評價與排放管理股。對口落實市局環境影響評價與排放管理科(行政審批服務科）、市排污權交易所相關工作。負責全縣（市）生態環境政務服務事項的統一組織和管理協調。負責權限內的生態環境縣級行政審批事項的集中辦理（輻射安全許可除外）；承擔政策、規劃環境影響評價審查。負責建設項目環境影響評價審批工作(核與輻射建設項目除外）。擬訂生態環境準入清單并組織實施。負責收取排污權有償使用費和環境信用管理工作。承擔排污許可管理工作。實施轄區內環境影響評價監督檢查工作。
8、固體廢物與輻射管理股。對口落實市局固體廢物與化學品科、核與輻射管理科相關工作。負責全縣（市）固體廢物、化學品、重金屬等污染防治的監督管理及污染防治項目的督查落實。負責組織實施權限內危險廢物經營許可、固體廢物轉移管理、新化學物質環境管理登記等環境管理制度。貫徹實施核與輻射安全法律法規和有關政策，負責核安全協調有關工作。組織輻射環境監測和輻射源的監督性監測。負責核與輻射事故應急工作。負責全縣（市）放射性廢物處理和處置設施、電磁輻射裝置和設施、放射性物資運輸的核
安全、輻射安全和輻射環境保護、放射性污染防治的監督管理。負責重金屬污染總量控制工作。
機關黨（紀）委。對口落實縣（市）直工委和市局機關黨(紀）委相關工作。負責分局機關及直屬單位黨組織建設和對黨員干部的學習教育、管理服務、監督和民主評議；負責黨員的發展、組織關系轉接、黨費收繳工作。負責對分局黨員干部和其他工作人員進行監督，督促黨員干部和其他工作人員嚴格遵守國法政紀，嚴格執行黨的紀律，堅決同腐敗現象作斗爭。配合人事部門對干部進行培養、推薦和考察，對干部的任免、調動、出國（境）政審、年終考評和獎懲提出意見和建議。配合上級部門開展巡視、巡察工作。